Na Aerodromu “Nikola Tesla” čekali su ga članovi porodice, kao i predstavnici SPS-a iz Bora Nataša Jovanović, Dragan Žikić, Ivan Stojanovići i Milan Janjić. Šainovića su dočekali i drugovi iz SPS-a Slavica Đukić Dejanović, Žarko Obradović i Milutin Mrkonjić.

Šainović se predao Haškom tribunalu 2. aprila 2002. godine, a 2009. godine osuđen je na zatvorsku kaznu od 22 godine. Nakon što se žalio na izrečenu presudu, kazna mu je 2014. godine smanjena na 18 godina, a 18. septembra 2014. godine prebačen je u Švedsku na izdržavanje kazne.

Šainovićevi branioci su u junu podneli zahtev za puštanje na slobodu 24. avgusta, a švedske vlasti izračunale su da dve trećine kazne ističu 26. avgusta, odnosno dva dana kasnije nego što tvrde u Hagu. Haški tribunal je teretio

Nikolu Šainovića za zločine protiv čovečnosti i kršenje zakona i običaja ratovanja na Kosovu od 1. januara do 20. juna 1999. godine. Među navodima optužnice bili su deportacija i druga nehumana dela, ubistvo i progoni na političkoj, rasnoj ili verskoj osnovi, s namerom da prisilno raseli deo kosovskih Albanaca i promeni etnička ravnoteža pokrajine, na kojoj bi ponovo bila uspostavljena kontrola Srbije.