U njenom životu bilo je dosta kontroverzi, a njeni kritičari kažu da je svojim stavovima i ponašanjem zapravo doprinosila povećanju broja bolesnih i siromašnih. Najveći problem je to što uprkos velikoj količini novca koju su ljudi uplaćivali fondu „Misionarki milosrđa“, u ustanovama koje je osnovala za pomoć bolesnima nije obezbeđena pravilna medicinska nega, a i higijenski uslovi su bili i ostali veoma loši.

Hemli Gonzales, jedan od njenih bivših volontera, ispričao je da se o bolesnima nisu brinuli pravi lekari već neobučene časne sestre i volonteri, da se nije vodilo računa o higijeni, a da su pacijenti koji pate od respiratornih bolesti morali da se kupaju u ledenoj vodi jer nije bilo dovoljno tople vode.

Kada je Gonzales predložio da se nabavi još bojlera, jedna časna sestra mu je odgovorila: „Mi to ne radimo ovde. Ovako je Isus želeo da bude“. Otkako su ustanove Majke Tereze dobile milione u donacijama iz celog sveta, niko nije uspeo da otkrije kako je taj novac potrošen. Časne sestre odbijale su da iznesu u javnost takve podatke, a odbijale su i svaki razgovor sa novinarima o tome.

Protivnik abortusa

Kada je 1979. godine Majka Tereza dobila Nobelovu nagradu za mir, rekla je da je „abortus najveći razarač mira“. Kritičari kažu da takav stav ne pogoduje borbi protiv siromaštva, naročito u prenaseljenim zemljama poput Indije. Oni smatraju da se ona nije borila protiv siromaštva, već stvorila takozvani kult patnje, zasnovan na srednjovekovnom sujeverju. Takođe, njeni fundamentalistički stavovi nimalo nisu doprinosili borbi za ženska prava.